Depuis son lancement en avril 2012, Syphax entretient des relations compliquées avec sa consœur Tunisair, et plus particulièrement Tunisair Handling. Les employés de la filiale d’assistance au sol auraient refusé le 7 juin 2013 de travailler sur un avion de la jeune compagnie.
Mohamed Frikha, président directeur général de Syphax Airlines, a indiqué que les employés de Tunisair Handling, chargés de l’assistance au sol de sa compagnie sur l’aéroport de Sfax, ont refusé d’effectuer l’enregistrement des passagers de son vol inaugural pour l’Arabie Saoudite. Ils arguaient que des autorisations du gouvernement saoudien manquaient. Pour débloquer la situation, le directeur du centre de Tunisair des services au sol de la plate-forme Sfax-Thyna, Mohamed Ben Farhat a lui-même assuré l’enregistrement. Ce nouvel imbroglio entre les deux transporteurs a provoqué un retard de plus de deux heures au vol. Le patron de la jeune compagnie a déclaré selon Direct Info qu'il était «inacceptable de poursuivre ces pratiques injustes envers Syphax Airlines, sachant qu’elle a obtenu l’autorisation de la part des autorités tunisiennes et saoudiennes afin d’assurer le transport des pèlerins vers les lieux saints pour accomplir les rites du petit pèlerinage».
