Siim Kallas, responsable de la mobilité et des transports, est amer : "Le vote du Parlement Européen n'est pas le signal fort attendu par le transport ferroviaire. Aujourd’hui, le rejet des points essentiels de la réforme est une démonstration de la ténacité des intérêts nationaux acquis".
Sur la refonte des directives de sécurité et d'interopérabilité et la mise en place d’un nouveau règlement pour l'Agence ferroviaire européenne, le Parlement a confirmé la nécessité de supprimer les obstacles administratifs et techniques existants. Pour les textes en faveur de nouvelles directives sur la gouvernance et l'ouverture du marché et de la réglementation sur les obligations de service public, les députés n'ont pas tenu compte des propositions de la Commission. Ils préfèrent laisser le soin à chaque Etat de formuler de nouvelles propositions pour le développement de ses activités ferroviaires.