Il reste malgré tout le coût de cette nouvelle liaison, estimé à environ 1,7 milliards d'euros. Une facture qui provoque la colère du Scara, Syndicat des compagnies aériennes autonomes, qui "s’interroge sur la façon dont a été prise cette décision de mise en construction d’un projet de 1,7 milliard d’euros, alors que d’autres solutions moins onéreuses et tout aussi efficaces pourraient être étudiées". Le financement du projet n'étant pas encore bouclé ni détaillé, les compagnies craignent qu'une partie au moins n'en soit assurée par "une nouvelle taxe imposée aux compagnies aériennes, taxe dont le montant ne cessera de croître dans le temps pour garantir une rentabilité inatteignable par la simple vente des billets".

Dans un communiqué, le syndicat évoque "une décision arbitraire qui pourrait pénaliser encore plus les compagnies aériennes" et il rappellequ'il a proposé "d’organiser la réflexion en concertation avec les compagnies aériennes et de financer l’investissement nécessaire par la cession de  20% du capital d’Aéroports de Paris, qui devrait rapporter à l’Agence des Participations de l’État environ 1,4 milliard d’euros".