L'audit, obtenu par la Tribune de Genève, met au jour plusieurs faiblesses dans le projet de 620 millions de francs suisses (570 millions d'euros environ). Il estime que "Les variations des coûts et de la définition du projet sont souvent insuffisamment détaillées et rendent difficile le suivi de l’évolution du projet et de la maîtrise des coûts". En outre, il déplore que comité de pilotage du projet soit impliqué aussi bien dans le processus opérationnel que décisionnel.
Il remarque également que 4 chef de projet ainsi que 2 contrôleurs financiers se sont succédés sur le projet. Le rapport estime que ce turn-over a entraîné "potentiellement des pertes de connaissances importantes liées au projet". En outre, les personnes en charge du dossier n'avaient pas les compétences suffisantes en matière d'installations aéroportuaires afin de gérer efficacement un chantier de cette taille, selon l'audit.



