Dans son édition du 3 février 2016, Le Canard Enchaîné affirme que la SNCF avait détecté une défaillance de l'éclisse - au centre de l'accident de Brétigny - en 2008, soit 5 ans avec le drame. Il écrit "Des travaux avaient été demandés, ils n'ont jamais été effectués". Pourtant, le Bureau d'enquête sur les accidents de transports avait déterminé au terme de son investigation que la fissure datait de quelques mois seulement. Les enquêteurs ont affirmé que les agents de l'entreprise n'avaient pas détecté le défaut lors de leur dernière tournée d'inspection effectuée 4 juillet 2013, soit 8 jours avant le déraillement qui a fait 7 morts.
Face à ces incohérences, les juges se demanderaient "si certains cadres de la SNCF n’ont pas 'établi un faux' en rédigeant, après l’accident, des comptes-rendus d’intervention bidon", explique le journal.