Dans son édition du 27 janvier 2016, le Canard Enchaîné assure que "la SNCF a tout fait pour manipuler l'enquête conduite" sur l'accident du Paris-Limoge qui a fait 7 mort en juillet 2013. Ayant eu accès à de "nombreuses pièces de l'enquête", dont des écoutes téléphoniques, le journal soutient que certains témoins ont tenu un double langage. Par exemple, un cadre avait dit lors d'une conversation téléphonique interceptée "Brétigny, c’est des crevards. Faut tous les foutre dehors !". Il a fait preuve d'un langage plus nuancé lors de son audition indiquant simplement aux juges qu'il ne savait pas si les travaux de maintenance avaient été correctement menés.
Les salariés de la compagnie ferroviaire auraient en fait été briefés par le service juridique de l'entreprise avant d'être entendus par la justice. Selon le journal, une cadre du servie juridique de la SNCF aurait ainsi dit à un cheminot "Moi, je t’invite à ne rien apporter (aux policiers)... Tu viens avec rien... Il faut attendre leurs demandes". Les employés auraient également rencontré ce service après leur audition.