Depuis plus d'un an, Paris et Berne sont en négociations. La France souhaiterait imposer la fiscalité française à toutes les entreprises présentes sur l'EuroAirport puisque la plate-forme est située dans l'Hexagone. Mais la Suisse refuse que les sociétés opérant depuis le secteur suisse soient soumises à ces taxes. Selon La Basler Zeitung, ce désaccord pourrait conduire à la remise en cause du statut binational de l'aéroport, mis en place par un traité franco-suisse en 1949. Cela représenterait une perte importante pour la Suisse car 80 % du chiffre d'affaires de la plate-forme est porté par des entreprises basées en Suisse.