Après les résultats du Brexit, Tony Tyler, le directeur général et CEO de l'organisation avait estimé que ce vote créait "une période de grande incertitude, financière mais pas seulement". Il va également avoir des répercussions sur le secteur aérien. Le patron de l'association IATA avait expliqué alors "Les liaisons aériennes facilitent l'activité, créent de l'emploi et construisent la prospérité. Il est absolument critique que, quelle que soit la nature de nouvelles relations entre le Royaume-Uni et l'Union européenne, elles soient en mesure de continuer à garantir l'intérêt commun en matière de sécurité, d'efficacité et de pérennité de la connectivité aérienne".
L'organisation a tenté de déterminer les conséquences de la sortie du Royaume-Uni de l'UE par une étude détaillée. Elle estime que l'impact économique de cette décision va faire chuter le nombre de passagers en Grande Bretagne de 3 à 5% d'ici 2020. La croissance du trafic pourrait ainsi reculer de 1 à 1,5 point par an dans un avenir proche.