La mise en place de la marque Etihad Regional ne s'est pas faite sans difficulté. En février dernier, à peine un an après son lancement, elle a dû lancer une restructuration. Selon le syndicat SSP et des salariés du groupe, les conditions de travail seraient également difficiles. Les employés seraient toujours soumis à la baisse de salaire temporaire de 10% acceptée en 2013. Outre la paie, les vacances et horaires poseraient aussi problème. Jamshid Pouranpir, secrétaire syndical du SSP a assuré à La Tribune de Genève : "Des pilotes n'ont pas encore pu prendre de vacances depuis le début de l'année et n'en ont pas de prévues. Pire, certains d'entre eux ont déjà dépassé - en octobre - le quota annuel d'heure de vol pour une année".
L'entreprise rejette ces accusations. Dans un communiqué, elle indique*: "Monsieur Pouranpir fait de fausses déclarations et fait du tort à la compagnie et ses employés"*. Elle ajoute "Darwin Airline a les preuves qui contredisent toutes ses déclarations. La sécurité aérienne et le respect de tous les règlements et de qualité de services sont notre priorité numéro un". Elle a engagé un avocat afin de porter cette affaire devant les tribunaux.