Pour la Cour des comptes, «La préservation d'un réseau de trains "Intercités" est un enjeu majeur d'aménagement du territoire». Elle reconnaît néanmoins que «le retard mis à prendre les décisions permettant de l'assurer contraint maintenant l’État, la SNCF, mais également les régions à devoir résoudre une équation particulièrement complexe à un moment où les marges de manœuvre financière sont devenues très faibles». Le document souligne entre autres une gestion «jusqu'à présent sans véritable stratégie». Conséquences : une absence de renouvellement des rames, une flotte hétéroclite ancienne (33,5 ans à fin 2012), une fréquentation en baisse (-14,58 % entre 2011 et 2013) et une activité devenue mineure pour la SNCF.
Les Sages de la rue Cambon recommandent également «des mesures énergiques de réduction des coûts de gestion de ces trains, mais aussi des choix en ce qui concerne leur périmètre et leur financement». Ils expliquent «le recentrage de ces trains sur des liaisons rapides de moyenne et longue distance, assorti d'une nouvelle qualité de service sur ces lignes, est susceptible d'accroître leur rentabilité». En ce qui concernent les lignes moins fréquentées et plus déficitaires, ils estiment que «dans un contexte de possible développement de l'offre de transport routier interurbain», leur remplacement par des liaisons routières est «une option à étudier».