La SNCF souhaite que la Région Centre augmente ses financements de 18 millions d'euros afin de prendre en compte la réforme des retraites des cheminots décidée en 2008. La compagnie ferroviaire estime, en effet, qu'il s'agit d'une "modification substantielle et imprévisible" du contrat et entraîne donc une enveloppe supplémentaire. Le tribunal administratif d'Orléans avait débouté sa demande en mars 2013. L'affaire est maintenant en appel à Nantes.
L'avocate de la SNCF a rappelé à la cour nantaise que cette réforme du régime des retraites n'était pas connue lorsque la convention TER avait été signée. Déplorant le refus de la région de négocier, elle a assuré au tribunal que "la rémunération de l'exploitant a été totalement anéantie par cette réforme des retraites, il n'a plus aucune marge !", rapporte La Nouvelle République. Le rapporteur public dont les conclusions sont généralement suivies par les juges, ne partage pas son avis. Il estime que le surcoût de la réforme n'est pas une modification substantielle du contrat. Il a calculé que les sommes en jeu représentaient en moyenne "2,4 % des sommes versées par la région Centre pour sa convention TER, alors qu'une " modification substantielle " doit être supérieure à 5 à 10%, selon la loi".