Afin de tenir le budget ainsi que les délais d'une ouverture avant 2024 (Paris étant candidate pour les Jeux Olympiques), l'Etat a renoncé à enfouir la ligne du CDG Express lors de sa traversée du quartier de la porte de la Chapelle (XVIIIe). Il a finalement opté pour des voies aériennes. La maire de Paris, Anne Hidalgo, qui plébiscitait l'enfouissement, est peu satisfaite par le scénario retenu. Son entourage a indiqué au Parisien que "Cette solution ne peut être écartée a priori, sans étude objective déterminant sa faisabilité. L’absence d’enfouissement poserait des problèmes majeurs, s’agissant de l’insertion urbaine du projet et des nuisances pour les riverains. A ce jour aucune garantie n’est apportée en la matière. La maire de Paris ne peut donc pas approuver le projet en l’état". La mairie réclame des "études préalables" pour mesurer l’impact du CDG Express sur un quartier "situé à proximité immédiate du boulevard périphérique" et qui "concentre déjà de nombreuses voies routières et ferroviaires".
Les compagnies aériennes ont également fait part de leur mécontentement. Le syndicat Scara s'inquiète pour le financement du projet de 1,7 milliard d'euros. Il craint la mise en place d'une nouvelle taxe.