Le vol Daallo Airlines Mogadiscio – Djibouti avait décollé depuis une quinzaine de minutes lorsqu'une explosion a percé le fuselage au niveau de l'aile droite. Le pilote a alors fait demi-tour pour effectuer un atterrissage d'urgence sur la piste somalienne. Dans un communiqué, la compagnie (inscrite sur la liste noire européenne) a confirmé l'incident. Elle précise que "Tous les passagers à l'exception d'un ont pu débarquer en sécurité après que l'avion ait atterri sur l'aéroport et pour le moment des investigations sont menées pour déterminer pourquoi un passager manque. Deux passagers ont été légèrement blessés et ont été menés à l’hôpital pour être soignés".
Selon certains témoignages, le voyageur manquant aurait été aspiré vers l'extérieur après l'explosion.