Interrogée sur l'avenir de l'aéroport de Dole par le site MaCommune.info, Marie-Guite Dufay, présidente de la Région Bourgogne Franche-Comté, le reconnaît : "il y a un problème avec cet aéroport parce qu'il n'y a pas de modèle économique". Un audit se déroulera au printemps prochain en présence de tous les aéroports et aérodromes de la région. Au terme de ce travail, la Région se prononcera sur le devenir de la piste. Toutefois, l'élue assure d'ores et déjà "l'aéroport de Dole-Tavaux n'a pas vocation à proposer des vols d'affaires".
La Région souhaiterait trouver des axes de développement pour les flux entrants. Depuis la création, l'installation est surtout un aéroport de départ.