Arrivé en mai 2015 en provenance d'Aer Lingus, il avait pour mission de restructurer la compagnie et de la rendre rentable à dix ans. Officiellement, Christoph Müeller évoque des raisons personnelles mais la presse fait état de profonds différents avec les actionnaires et ce, malgré des résultats nettement améliorés et des décisions difficiles prises ces derniers mois.
Selon des sources proches du dossier, "Sa position difficile au sein de la compagnie rendait sa mission impossible à court terme". Depuis son arrivée, 6 000 emplois ont été supprimés et 30% de la flotte a été revendue.