La SNCF a écrit aux juges: "Le scénario des experts judiciaires fait apparaître un certain nombre d'incohérences et de carences". L'entreprise met en avant "des erreurs" et "un scénario" qui "ne repose que sur des hypothèses inexactes et des explications inabouties ou contestables". Pour elle, les conclusions du rapport sur le désassemblage successif des boulons sont "incohérentes" et même contraires "aux lois physiques". Elle ajoute "Le déraillement du 12 juillet 2013, qui reste inexpliqué, est un événement inédit, imprévisible et exceptionnel".
Le rapport définitif du BEA sur le déraillement du Paris-Limoges à Brétigny-sur-Orge, remis en septembre 2015, a également mis en cause la maintenance de la SNCF. Il indique que "Trois défaillances des différents processus de maintenance" ont conduit à l'accident.