Dès 2002, il rejoint la Compagnie Air France où il occupe successivement les postes de Directeur Commercial Adjoint en charge des Alliances puis responsable du rapprochement entre Air France et KLM. A partir de 2005, il occupe le poste de Directeur Général Israël pour le groupe Air France-KLM. Il rejoint la compagnie EL AL en décembre 2009.
Patrick Amar succède à Itshak Cohen en tant que Vice Président Europe de l'Ouest pour la Compagnie EL AL. Il aura pour tâche de développer de nouvelles stratégies commerciales et opérationnelles pour les pays dont il a la charge : la France (avec deux escales à Paris et Marseille), l’Espagne, le Portugal, l’Allemagne, l’Autriche et la Suisse.